Data Engineer Human Genetics

Wat ga je doen?

We zijn op zoek naar een data engineer om de data-infrastructuur voor NESTOR te realiseren. Jouw missie is om af te stappen van handmatige gegevensinvoer en toe te werken naar een naadloze, geautomatiseerde infrastructuur. Je gaat pipelines bouwen waarmee gegevens over erfelijke kanker veilig worden verzameld vanuit lokale elektronische patiëntendossiers (EPD's) naar een centrale registers.

Als research data engineer voor het NESTOR-project binnen Amsterdam UMC ben jij de primaire data engineer die onze lokale en nationale data-integratiestrategie implementeert.

Jouw belangrijkste verantwoordelijkheden:

• geautomatiseerde ETL-pipelines: ontwerp en implementeer robuuste ETL/ELT-workflows om gegevens uit klinische bronnen (bijv. Epic, Genesis) te ontsluiten naar het NESTOR-register;
• nationale interoperabiliteit: zorg ervoor dat alle gegevensoverdrachten voldoen aan nationale standaarden zoals HL7 FHIR en de Health-RI architectuur;
• synchronisatie tussen UMC's: samenwerken met technische teams van andere Nederlandse UMC's om datamodellen te harmoniseren en consistentie te waarborgen in de manier waarop erfelijke kankerrisico's worden vastgelegd en gedeeld;
• privacy en beveiliging: implementeer pseudonimiserings- en versleutelingsprotocollen om gevoelige genetische en klinische informatie te beschermen, waarbij strikt wordt voldaan aan de AVG en UMC-specifieke beveiligingskaders;
• doorontwikkeling van het register: samenwerken met klinisch genetici en onderzoekers om de mogelijkheden van NESTOR uit te breiden.

Wat neem je mee?

Je bent een technisch specialist die wil dat zijn of haar code directe impact heeft op de volksgezondheid. Je geniet van de puzzel om ongelijksoortige medische databases te verbinden tot een samenhangend geheel.

Je brengt mee:

• een BSc, MSc of PhD in Computer Science, Bioinformatica of een vergelijkbaar technisch vakgebied;
• expertkennis van Python en geavanceerde SQL. Ervaring met Containers en API-ontwikkeling;
• ervaring met klinische registers of EPD-data (Epic/Genesis) is een pre;
• ervaring met medische datastandaarden (OMOP, FHIR of SNOMED CT) is zeer gewenst;
• je kunt navigeren door de organisatorische complexiteit van het Nederlandse UMC-landschap en effectief communiceren met zowel IT-afdelingen als medisch specialisten.